Europa Universalis 3 начиналась с падения Константинополя, а в In Nomine стрелки часов переведены на полвека раньше. В 1399 году Византийская империя уже была близка к коллапсу — ей принадлежали два клочка земли на противоположных берегах Эгейского моря. Впрочем, если турки не растопчут вас на старте, есть шанс восстановить былое величие, стать гегемоном Восточной и Южной Европы и отправить греческие корабли в Новый Свет. В In Nomine у знаковых держав появились «сюжетные» задания, поощряющие развитие по «исторически верному» пути: Византия должна вернуть Грецию и Малую Азию, а Россия — получить выход к Балтике. Кроме того, в IN заложены десятки случайных поручений: «послать купца в Венецию», «создать мощый флот», «обратить Киев в католичество» и т. п. Вместо призовых баллов из EU 2 здесь награждают ощутимыми бонусами к экономическим показателям.