Отличительная особенность Zoo Empire — два пути, ведущих к финалу, разных по смыслу, но почти одинаковых по наполнению миссий. Двигаясь в одном направлении, мы выполняем задания, где основное внимание уделено фауне; а в другом упор сделан на экономическую составляющую. Понятно, что ключом к победе всегда будет "количественное" развитие зоопарка. Особо успешным управляющим по окончании миссии выдаются денежные бонусы и редкие виды животных, пользующиеся популярностью у посетителей.